Kościół Wolnych Chrześcijan jest dobrowolnym związkiem wyznaniowym jednoczącym istniejące na terenie Rzeczypospolitej Polskiej Zbory Wolnych Chrześcijan.

Członkowie Kościoła Wolnych Chrześcijan skupiają się w Zborach, które stanowią samodzielne społeczności zaspokajające duchowe potrzeby członków, sympatyków i ich rodzin.

Do Zboru mogą zostać przyjęte tylko takie osoby, które wyrażą dobrowolną chęć przystąpienia do Zboru, złożą wyznanie wiary, mają dobre świadectwo chrześcijańskiego życia i zostaną przez Zbór przyjęte. Grupy wierzących, które liczą mniej aniżeli 15 ochrzczonych wierzących organizowane są w Placówki, które podlegają opiece Zborów.

Pracą Zboru kierują Starsi Zboru (Prezbiterzy) zwani Radą Braterską. Jeden spośród Starszych (Prezbiterów) zostaje wybrany przez Zbór na Przełożonego Zboru i nosi tytuł Prezbitera Zboru. On to kieruje pracami Rady Braterskiej.

Co trzy lata Zbory wysyłają swych delegatów na Synod całego Kościoła. Do zadań Synodu należy nakreślenie zadań i pracy na najbliższe trzy lata oraz ocena pracy w Kościele, zaś w szczególności Rady Kościoła, która to Rada w okresie pomiędzy Synodami inicjuje i koordynuje działalność międzyzborową.

Synod spośród delegatów Zborów wybiera 7 osobową Radę Kościoła i Przewodniczącego Rady Kościoła. Rada Kościoła ze swego grona wybiera Zastępcę Przewodniczącego, Sekretarza i Skarbnika. Do zadań Rady Kościoła należy między innymi: inicjowanie i koordynowanie działalności międzyzborowej, a w szczególności pracy wśród dzieci, młodzieży i kobiet, kursów biblijnych, szkolenia pracowników, prowadzenia pracy misyjnej i charytatywnej, organizowanie zjazdów, wykładów i seminariów, oraz prowadzenie działalności wydawniczej. Rada Kościoła przez swego Przewodniczącego reprezentuje Kościół na zewnątrz. Siedziba Rady Kościoła mieści się w Katowicach, ul. Franciszkańska 19.